В сновидении Ватсон в «детской» позиции – но в реальности в отцовской (по отношению к своему будущему ребенку, а также – что важнее всего – по отношению к Шерлоку)

Джон вначале действительно пытался (не слишком удачно) занимать отцовскую позицию по отношению к Шерлоку.
Однако после разоблачения истинной сущности Мэри он открыто ушёл в "детскую" позицию. Он чувствует себя беспомощным, ничего не понимающим и не знающим, что ему делать дальше, признаёт, что Шерлок всегда прав ("всё всегда по-твоему") и перестаёт сопротивляться, просто тупо делает то, что ему приказывает Шерлок, переложив всю ответственность на него. Шерлок, со своей стороны, полностью берёт на себя эту ответственность.

Так что к началу Невесты Шерлок действительно находится в отцовской позиции по отношению к Джону.